合同已经履行但无效的情况是一个复杂的法律问题。 在这种情况下，虽然合同双方当事人都按照合同约定履行了各自的义务，但由于合同在法律上无效，合同从一开始就不具有法律效力。 这是这个问题的详细答案。
1.合同无效的原因。
合同无效的原因通常包括以下几种情况：
合同违反法律法规强制性规定，损害国家利益和社会公共利益的;
合同当事人不具备法定资格或者行为能力，例如，合同主体不具有民事行为能力或者未经授权;
合同存在重大误解或明显不公平，导致双方权利义务严重失衡;
合同条款包含欺诈、胁迫或利用他人等不公平手段。
2. 已履行但无效的合同的处理。
对于已经履行但无效的合同，需要采取以下措施：
合同无效的确认：当事人应当依照合同法的规定，通过法律手段确认合同无效。 这可以通过谈判、调解、仲裁或诉讼来实现。 合同被确认无效后，合同自始不具有法律效力。
恢复原状：当事人在履行合同过程中财产权益发生变化的，应当恢复原状。 这包括归还财产、恢复原状、损害赔偿等。 具体的归还方式应根据实际情况选择，以保证双方权益得到合理保护。
损害赔偿：一方在履行合同过程中遭受损失的，有权要求有过错方承担赔偿责任。 损失赔偿范围应当包括直接损失和间接损失，如因对方违约造成的利润损失。 在确定责任时，应根据双方的过错程度和实际情况来判断。
采取其他补救措施：除上述措施外，还可以根据实际情况采取其他补救措施，如签订新协议、谈判和解等。 这些措施应有利于保护双方的权益和解决争端。
3.防止合同无效的措施。
为避免无效合同的发生，建议采取以下预防措施：
签订合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法合规，不违反法律法规的强制性规定。 同时，要保证双方均具备法律资格和能力，避免因主体无能而使合同无效。
在履行合同过程中，应注意保留相关证据材料，如合同文本、交易凭证、通信记录等。 这些证据材料对于确认合同无效、解决纠纷具有重要意义。
发现对方在履行合同过程中存在欺诈、胁迫或者其他不正当手段的，应当及时采取措施保护自己的权益。 同时，要保留相关证据材料，以便通过法律途径追究对方的法律责任。
在签订合同时，可以约定一种争议解决方式，如仲裁、诉讼等。 这可以为双方提供一种更灵活的方式来解决他们的争端，避免因无法谈判解决而陷入僵局。
总之，合同已经履行但无效的情形，要求当事人采取适当的措施进行处理。 预防和处理此类问题，应注意遵守法律、保全证据、灵活运用法律手段等因素。 通过强化风险意识、规范合同管理、合理运用法律手段，降低合同无效风险，维护我们的合法权益。