对于噶尔丹来说，乌兰布通战役后的六年一定是非常痛苦的。
乌兰布通之战 乌兰布通之战虽然打平，但清军的战场损失甚至比准军还要大，但傅全权只是清军的主力之一，在装备上已经击败了噶尔丹的几乎所有财物。 这个时候，噶尔丹可能已经意识到了国力的巨大差距。 五尔回河之战，被噶尔丹以一万多弱兵歼灭，对清朝来说根本不是什么大不了的事。 而噶尔丹想要伤害清朝，迫使清朝交出喀尔喀人，这无疑是极其重要的。 
蒙古武士噶尔丹从乌兰布通之战中徒劳归来，在返回途中因瘟疫损失惨重。 科布多大本营被洗劫一空，天山山脉南北两边的绿洲城市全部落入阿拉布坦的控制之下，封锁了噶尔丹获得铁器和火器的通道。 噶尔丹无疑无力收复失地，只能勉强保护自己。 而康熙皇帝也提出了有利条件，希望招募噶尔丹部落，将他们安置在内蒙古草原上。 噶尔丹和康熙皇帝这几年都在休养生息，他们从清朝骗了不少，从沙皇俄国那里买了下来。 
然而，康熙皇帝一直谈判到乌兰不通之战后的第五年，也没有结果，康熙显然发现自己被噶尔丹欺骗了。 好在这几年，清朝也做好了充分的战争准备，兵力充沛，可以远征漠北。 康熙帝于是制定计划，准备派兵迎噶尔丹投降，一举伏击。 
1695年下半年，他再次向东派兵，进攻留在漠北的喀尔喀部落，企图扩大自己的实力。 同时，噶尔丹声称自己带来了6万支俄罗斯猎枪，恐吓南漠和北漠的蒙古诸侯，同时利用他作为第五代洛桑嘉措的宗教影响力，引诱蒙古草原的喇嘛向他提供情报。 由于大部分喀尔喀部落为了躲避卡尔丹军队而暂时南迁，所以东进其实就像是放牧的队伍，没有战斗。 噶尔丹不敢向南冲到长城附近。 
1695年底，清朝也开始军事动员，动员了10万大军，分三路，向北进军漠北。 东路军由黑龙江将军萨布苏指挥的9000人组成，渡过兴安山脉，出克鲁伦河，包抄准噶尔军; 由富原将军飞阳谷指挥 46万人组成西路军，从贵华（呼和浩特）、宁夏渡过沙漠，沿翁津河北上，切断噶尔丹的退路; 康熙皇帝自率34万人组成中路军，从独石口（今河北赤城以北）出发，经克鲁伦河上游向北，切断噶尔丹退路，以东路军和西路军攻击噶尔丹军。 
根据昭门多战役的示意图，噶尔丹士兵实际上不到两万人。
据说，在乌兰不通之战中，康熙也从东北调来一支军队，准备从盛京出发进攻噶尔丹，但走到一半的时候，噶尔丹已经跑了回来。 这一次，东路军统帅萨苏是当年与夜叉作战的将军，赶到漠北，却没有派上用场。西路军统帅费阳谷，是难得经历过三大藩叛的老兵，此时的年轻人已经年近五十岁。 在集结行军的过程中，飞阳谷敏锐地发现康熙制定的补给计划存在巨大漏洞，决定改变原来的460,000 名士兵减少到 1 人40,000 名精英，其他人都被转为供应工作。 这成了清军打败敌人的关键，而不是跑到漠北送人到他们的头上。 
克鲁伦河是蒙古高原上的一条重要河流，没有裁兵的康熙在抵达克鲁伦河谷后就陷入了粮食短缺的困境——士兵们携带的80天粮食已经吃光了大半，更何况继续前进很危险， 哪怕是撤退。康熙帝征服北方噶尔丹时，曾命绍兴人、副统帅吴六存调薪。 当皇营已经没粮了好几天的时候，他大喜过望，李米亲王说：“父子俩有援手。 虽然《清史手稿》对康熙皇帝大肆吹嘘，但真实情况是康熙皇帝派使者去见噶尔丹，并主动将自己亲手征服的消息告知康熙皇帝。 
康熙的北伐表明，康熙皇帝的军队缺乏食物，没有战斗力，所以他只能寄希望于恐吓战术。 如果噶尔丹在这个时候果断攻打清军营，说不定就能搞出清版的土木堡革命，活捉康熙皇帝。 但噶尔丹并不是一流名将，这几年一直受到阿拉布坦的攻击，此时的他已经没有理性的判断力了。 见康熙沿途兵力众多，不敢决战，向西撤退。 飞阳谷和孙思可的部队西线越过沙漠，噶尔丹已经派出一支小分队烧毁了库伦以南的草原和图拉河，这是西路军必须经过的地方，西路军耽误了不少行军，无法执行既定的与康熙皇帝会合的计划。 在噶尔丹补给路线比较困难的西路军，此刻应该极度缺粮，失去战斗力，决心拿起松软的柿子，一举歼灭西路军，发挥自己的威望，迫使清朝议和， 交出喀尔喀人，恢复其力量。
电视剧《康熙皇帝》中的康熙皇帝。
在这里可以看出，加尔丹虽然在战场上待了很久，但毕竟不是一流的明星。 飞阳谷和孙思可都是经历过三大封建叛乱的老兵，名声大噪，不容小觑，怎么能和阿尼、福泉这样的受膏子相比呢？ 噶尔丹让自以为是、打不过仗的康熙帝不对付，跑去掐这些人，实在是大错特错。 飞阳谷已经接到康熙帝派来的轻骑兵的召唤，正在噶尔丹西进的路线上等待，占领制高点——昭墨多。 赵墨多，地处图拉河东岸，又称东库伦，北靠肯特山，南靠金枪鱼岭，西靠汗山，森林不计后果，形势险恶，素有古战场之称。 有意思的是，这个地方的旧名是呼兰突发低温，朱棣来这里是为了破危守守北大的瓦拉马罕，现在，这里是见证一场历史性的决战。 
噶尔丹一到，飞阳古就派满洲正白旗的先头统帅硕岱和蒙古正皇旗的统帅阿难率领一些轻骑兵引敌。 他们一接触，清军就装作疲惫虚弱的样子，引诱噶尔丹向西追击。 没过多久，噶尔丹军就被引诱到山前，清军匆匆散去。 见山上清军不多，噶尔丹以为是大批散兵造成的，却不知道飞阳谷刻意精简，清军已经在山上等了十天，体力已经恢复，他立村自卫。 在乌兰布通之战中，福泉试图用重型铁芯青铜炮进攻，但被噶尔丹击败。 这一次，清军吸取了教训，使用了较轻的副母炮，数量还是足够的。
清朝副炮兵噶尔丹率领骑兵手持长矛向高原茂林深处的清军发起冲锋，孙思可率领青军精锐在前方抵抗，霰弹枪和副母炮轰鸣，战场硝烟弥漫。 冲近一看，发现清军的火器准备得如此充分，阵地前已经挖好了木栅栏和壕沟，准备工作极其充分，敌人兵力虽少，但也不容小觑。 直到这时，噶尔丹才隐隐约约意识到，自己似乎掉进了费扬古。 但事情已经到了这个地步，有必要咬紧牙关。 后方的攻击削弱了蒙古骑兵的冲击力，噶尔丹麾下的蒙古士兵虽然英勇，但由于近几年经济困难，装甲很差，许多人被击中从马上摔下来。 噶尔丹当即做出决定，命令士兵们一个接一个地下马，转而进行徒步作战，毕竟准噶尔部落在蒙古部落中以步兵作战能力著称。 不过，在康熙王朝时期，青营的战斗力还没有完全腐化，在步兵方面，没有比汉人更好的战斗力了。 孙思可当即一声令下，打开鹿角门，汉军藤兵手持刀盾从后方冲出，而全兵则在后方提供火力，双方激战，从5月13日上午杀到下午，形影不离。此时，噶尔丹麾下的士兵接近两万人，只比清军略有优势，装备也没那么好，是背袭，激战丝毫没有落后。
名将飞阳谷是顺治最宠爱的妃子董鄂飞的弟弟，飞阳谷已经采用了另一位经历过三封造叛乱的汉军老兵尹华兴的策略，率领精锐骑兵偷偷离开营地，绕道噶尔丹营地攻打他的营地。 卡尔丹的妻子，负责守卫营地的阿努克顿，与清军激战，被击败，被赶到卡尔丹总部的后方。 不过，阿努科敦也非常勇敢，甚至在进攻噶尔丹后方之前稳住了阵地，命令手下的士兵下马与清军决一死战。 尹华兴在回忆录《西征志》中说：噶尔丹和嫂子阿奴娘子（也就是被噶尔丹的凶哥俘虏的嫂子）等人也冒着炮箭，牺牲马匹战斗，锋芒十分锋利，所向披靡，伤亡相当相等，胜负不定。 从这个角度来看，噶尔丹的困兽斗，即便是在全面劣势的情况下，还是相当可观的。 然而，阿努夫人“身材高大，敢于战斗，身穿青铜铠甲，身着弓箭”，她的铠甲不足以抵挡清军的火器。 清军发现这个女人是准军凝聚力的关键，于是接连出手，阿努科屯被枪杀。 准军后方不停地尖叫着，陷入了混乱。 尹华兴趁机从孙思可侧翼杀营，直接凿穿准军阵，来回攻击飞阳谷。 来自山区的汉军精锐步兵从高坡上疾驰而下，威力丝毫不逊色于铁骑兵。 噶尔丹从前到后遭到袭击，妻子战死，震动了军队的士气，他们再也支撑不住了，只好集结士兵逃离战场。 战死2000余人，俘虏3000余人，噶尔丹的妻子阿努科敦和重要大臣代巴图尔在桑、博罗特和埃奇战死，清军也在战斗中损失了1000多人。 然而，由于清军攻占准军营，清军俘虏了6万多头牲畜，大量武器、盔甲、火器、弹药，以及许多家子弟。 这一战之后，噶尔丹部落四散而逃，或叛逃到阿拉布丹，或叛逃到清朝，噶尔丹只聚集了五千名战士，数万名追随者，在科布多草原上徘徊。 1697年，康熙派马西卡、尹华兴率领少数精锐前往科布多，继续猎杀噶尔丹。 噶尔丹走投无路，百姓向清朝投降，他想投奔**，但又被康熙皇帝的警告狄巴桑杰嘉措拒绝，最后病重而死（劝毒自杀），噶尔丹的残余臣臣投清，他的儿子也被哈密人俘虏，投交给清朝。