青海湖汽车贸易公司对于已转出进项税额的这部分税款，能否向当地税务机关申请退税的问题，应从两个方面进行分析。 首先，如果公司违反了税法等相关法律法规的规定，而公司确实有过错，那么补缴的税款肯定不会退还。 其次，如果企业没有主动犯错，而是被动地涉及因上游公司的过错而已由企业扣除的进项税额的转移，那么很有可能因转出投入项而暂时缴纳的税款可以追回， 而本案显然属于后一类。
根据案例的描述，我们可以得出以下结论：
首先，青海湖汽车贸易公司没有错，公司与客户签订了购销合同，有相关的货物运输凭证，按照协议还结算了该批车的货款，相关购销发票没有问题，该批业务确实是“三流一致”， 可以证明商家的真实性，不存在购买***等违法违规行为。
二、上海虹桥**公司确实存在问题，偷税漏税，法定代表人被拘留失联，银行账户和账簿被查封。 正是为此，上海地方税务机关向青海地方税务机关发出了《协助函》。
第三，即使青海地方税务机关向上海市地方税务机关发出回函，要求上海市地方税务机关协助对青海湖汽车贸易公司准备的相关证明材料进行比对，该公司也肯定无法得到上海市地方税务机关的积极答复，因为上海虹桥**公司的账簿已被查封，公司已经停业商。
第四，也是最关键的一点，上海虹桥**公司自注册以来一直在偷税漏税？答案是否定的，因为上海虹桥公司已经连续经营了十几年，因此，如果青海湖汽车贸易公司购买的这批汽车属于上海虹桥**公司合法合规经营的时期，或者青海湖汽车贸易公司提供的相关购销信息可以充分证明该企业是合法的。如果合规且业务真实性能够得到青海当地税务机关的认可，则根据国家税务总局的相关文件，从该批进项税额中转出的税款可以向青海湖汽车贸易公司申请退税。说到这个案子，你明白吗？青海湖汽车贸易公司最关心的是如何让当地税务机关认可公司提供的证明资料真实有效，并同意退还从进项税额中划出的税款。
在实践中，从进项税中转入的税款无法退还给企业的概率超过90%，因为确实不可能得到上游企业或上游税务机关的有效肯定答复，尤其是跨省业务。 只要青海当地税务机关的工作人员签字，他们就会负责，你不敢签字，不能保证100%无风险隐患？但以剩下的10%概率，青海湖汽车贸易公司还是可以拼命争取的。
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