疏水层析它是根据分子表面疏水性的差异来分离蛋白质或多肽等生物大分子的方法，其最大的优点是与蛋白质有温和的作用，能最大限度地保持生物大分子的自然结构和生物活性。 高载盐低盐洗脱的吸附分离方式和层析原理，使疏水层析成为理想的互补纯化方法，也可作为操作单元之间的调节技术，适用于高疏水性和耐盐性蛋白质的分离，是纯化抗体、疫苗、重组蛋白等大分子的有效手段， 干扰素、激素等，特别是在聚合物的去除方面。
1.疏水层析介质的包装材料选择
底架和粒径
疏水性树脂与离子树脂相似，因为它们是由支架和疏水配体交联而成的。 博格隆提供四种类型的HIC支架：Bestarose FF（快流琼脂糖支架，90 m）、Bestarose HP（高分辨率琼脂糖支架，34 m）、Diamond（高刚性琼脂糖支架，90 m）和Diamond Mustang（高分辨率刚性琼脂糖支架，40 m）。 这四种基质为琼脂糖，保留了天然多糖的亲水性和孔隙结构，其中Diamond和Diamond Mustang是高刚性琼脂糖，具有更好的物理和化学稳定性。 疏水性树脂粒径小、分辨率高、粒径大、流速快，可应用于捕获、中间纯化、精细纯化等蛋白质纯化的所有阶段。
疏水性
选择疏水作用层析的关键是选择合适的疏水强度较强的配体，如果蛋白质疏水性较强，则需要选择疏水性较弱的介质，反之亦然。 不同配体和配体浓度介质的疏水力不同，常见疏水断层扫描配体的疏水强度依次为：丁基-S<丁基<辛基<苯基。 苯基的疏水性最强，按配体取代程度可分为高亚（HS）和低亚（ls）辛基和丁基属于脂肪族疏水配体，辛基链比丁基链更长，疏水性更强;Butyl-S 是疏水性最低的树脂，适用于在较低盐浓度下纯化强疏水分子。 可先选择疏水性最强的树脂探究条件，在保证疏水层析成像适合于目标分子的分离后，可选择其他树脂，提高分离效果。
2.影响疏水色谱的因素
填料属性。
蛋白质疏水性。
缓冲液（盐类型和浓度、pH值、温度）。
操作环境的温度对色谱结果影响很大，纯化过程中温度应尽量保持恒定。