市面上销售的果醋饮料与发酵饮料不同，这类饮料虽然也是用水果香精的主要原料轻微生物发酵而成的，但也有大量的色素、香精、果汁、甜味剂等，而且它们的醋酸含量较低，营养成分也不大。
发酵饮料不仅打破了需要添加剂消费的传统，而且基本实现了零添加;也从传统的果醋转变为发酵饮料，更容易吸收，更有营养; 并突破果醋只能吃不普及的天花板现象，进入大众日常饮用，既能呵护胃部，促进消化，补充营养，又从偶尔饮用转变为日常饮用。
在发酵过程中，由于微生物的生化作用，可以大大提高原料的有效营养成分。 例如，玉米、小麦、大豆等乳酸发酵后，赖氨酸含量增加%; 蛋氨酸含量增加%; 3种原料中的游离氨基酸增加了16 次，14 次，13次; 游离钙增加15 次，12次，2次; 游离铁增加 13 次，09 次，12次。 可以看出，微生物作用制备的发酵饮料的营养成分大大增加，营养价值也大大提高。
发酵饮料具有很强的乳糖酶特异性，可将乳清蛋白转化为葡萄糖，从而预防腹泻等消化道疾病，并使胃肠中的一切都正常工作。 而且发酵后的果汁中含有大量的碳水化合物、膳食纤维，以及一定量的益生菌，这三种物质进入人体可以很好的调节肠道微生态，特别是对有益菌的增殖有积极作用。
这是因为发酵饮料可以粘附在肠粘膜上并进行移植。 因此，它可以减少胆固醇在胃和肠中的消化和吸收，发酵饮料可以将消化吸收的胆固醇排泄成胆盐。
对于大便干燥和便秘的人来说，适当饮用发酵果汁可以起到促进肠道蠕动和预防便秘的作用。 对于一些食欲不振、消化不良、腹痛、腹胀等胃肠功能较弱的人，可以采用发酵果汁进行发酵，对健脾、开胃促消化有很好的效果。
《自然评论心脏病学》的一篇文章，题为“发酵食品和饮料的心血管益处：仍有待争论”，指出发酵食品可能对心血管健康产生积极影响。 其中一个重要原因是发酵过程中的微生物可以产生有益的生物活性物质，如益生菌、维生素、抗氧化剂和短链脂肪酸。 这些物质在心血管健康中起着重要作用，有助于降低胆固醇、调节血压、减少炎症，甚至改善血糖代谢。
在产品方面，除了最常见的苹果醋外，市场上的果醋饮料种类也越来越多。 五色风味“神农猕猴桃饮”是以神农架的高山猕猴桃为原料，经双轮发酵而成，具有养胃益肠、促进消化、补充维生素C的作用。