当员工不按照正常程序离开公司时，工资的计算和支付就变得相对复杂。 这不仅涉及公司的利益，也涉及员工的权益。 在这种情况下，工资的计算和支付将在下文中详细解释。
首先，我们需要明确的是，仅仅因为员工直接离开公司并不意味着公司可以随意扣除他们的工资。 根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应当按照劳动合同和国家法规的规定，足额、及时地支付劳动者的工资。 即使员工离开公司，只要按照劳动合同约定完成工作，他或她就有权获得相应的工资。
然而，在实践中，企业可能会因员工直接辞职而面临一些困难和挑战，而无需办理辞职手续。 例如，无法准确核算员工的出勤天数、加班时间、绩效等，可能导致工资计算不准确。 另外如果员工在离职前有违约行为或给公司造成损失，公司可能还想通过扣除工资来弥补损失。
在这种情况下，公司应首先与员工取得联系，了解员工离职的原因和愿望，并尝试与员工达成协议。 如果员工同意通过终止程序与公司合作并提供必要的出勤和绩效数据，公司可以根据这些数据计算和支付工资。 如果员工不同意合作，公司可以通过法律途径获取相关数据，如查询员工的考勤记录、与同事或上级核实考勤情况等。
公司在计算工资时，应遵守劳动合同和国家法规的规定。 具体来说，工资的计算应包括以下几个方面：
1.基本工资：员工的基本工资按劳动合同的规定支付。
2.加班费：加班费是根据员工的加班时间和加班费标准计算的。
3.绩效奖金：根据员工的表现和公司的绩效考核制度发放绩效奖金。
4.其他福利：其他福利根据劳动合同规定和公司福利制度支付，如社保、公积金、年终奖等。
需要注意的是，员工在离职前有违法行为或给公司造成损失的，公司有权在法律范围内扣除工资。 但工资的扣除应当符合法律规定和劳动合同的规定，不得任意扣除或者超过法定限度。
如果公司在计算工资时遇到困难或争议，可以通过以下途径解决：
1.与员工谈判：首先尝试与员工友好协商，解决工资计算问题。
2.检查相关证据：检查劳动合同、考勤记录、绩效考核等相关证据，确保工资计算的准确性。
3.寻求法律援助：如果您无法与员工达成协议或发生法律纠纷，您可以寻求法律援助或咨询律师。
4.向劳动监察部门投诉：如果公司认为员工辞职涉嫌违法或给公司造成重大损失，可以向当地劳动监察部门投诉。
总之，仅仅因为员工离开公司并不意味着公司可以随意扣除他或她的工资。 公司应当按照法律规定和劳动合同的规定，足额、及时地支付员工工资。 同时，公司也应积极与员工沟通协商，解决工资计算问题，维护双方合法权益。