崇祯初月至五月，虽然袁崇焕所建立的关宁军在收复遵雍四城的战斗中实力最强、最出色，但所有士兵都希望皇帝能够赦免他们的统帅们的功劳和辛勤。 看到关宁将士对袁的热情和支持，史书记载，崇祯一度有让袁国元再次带军的想法，说：“保卫辽国不是蛮族。 ”
但经过三个月的朝廷反复博弈（主要是因为有人想借此案打倒钱龙熙等内阁成员，同时制造新的反案，推翻“魏忠贤反案”的影响），8月，崇祯还是决定杀了袁崇焕， 并以非常残忍的方式杀死了他——酷刑，同时把家人**放了2000英里，罪名是现成的：无效的委托，欺骗，盗窃城市的大米，斩首指挥官，长期纵火敌人，不战而屈人之兵，四套增援，解雇......
此后，孙成宗担任关宁军最高统帅，在前线承担起抗击后晋军的重任。
孙成宗继续他的要塞推进战略，即一步步建好要塞，通过增加要塞炮兵、增加屯田，一步步收复失地，形成战略进攻态势。
而他已经选定了目标——大凌河市。
此举最大的缺点是成本高昂且不安全（明军之前曾两次修城，但都被敌人攻破），前进的势头会越来越弱。 至于优势，一是“收复失地”，二是保证锦州的安全（大凌河市距离锦州只有几十里）。
尽管朝廷上有人强烈反对，但孙承宗仍然坚持自己的判断，命令关宁军核心人物祖大寿、何克率领精锐主力，第三次建设大凌河城。
半个月后，皇太极密切关注着它的进展，终于在即将完工的时候，果断出兵，率领十万大军围城。
吸取了上次与袁崇焕交手的教训，皇太极这次可以说是有备而来。
在吉思的变迁中，他再次领略了袁崇焕火炮的威力，对这门大威力产生了浓厚的兴趣，于是特意缴获了一门红衣炮回去仿制，一口气造了几十门，并命令佟阳兴带着这支高科技战略新兵，准备作为新的杀手锏来使用。
皇太极学得好，正是在他的手中，后进军才逐渐演变成一支融合中西势力、多兵结合的强大机动兵团。
大令河之战于崇祯四年八月正式拉开帷幕，距遵雍胜利结束仅1年零3个月。
大凌河城被围困，锦州的明军自然要组织救援。 在孙承宗的组织下，从8月到9月，在将军武向、宋维的指挥下，前后组织了三支增援部队，但因为敌人强而我弱，上千人的救援根本没有帮助。
到9月底，孙承宗以军长张淳为指挥，组织关宁军约4万大军向大凌河市进军。
此时，城内精锐部队约1万，城外关宁兵约4万，一共5万官宁军和10万后方军展开决战。
一开始，张淳能够依靠骑兵营来守住骑兵的克制，但敌人的炮兵突然变得强大起来，顿时改变了战场上的局势。 没有了袁崇焕在现场的监督和控制，这些人对八旗军的恐惧再次被唤醒，一些人开始发挥死而贫的精神。 面对敌人的进攻，吴襄先是逃跑，造成全军大溃败，张淳在途中集结溃败，再次扎营，与敌人决战，但还是被打败了，全军又被打败了。 在前方的追击和伏击两条线下，四万大军几乎全军覆没。
祖大寿等人已经在城中四次突围，见没有突破的希望，只好杀了何克刚等人，拒绝投降，选择投降。
皇太极得到了梦寐以求的大炮和无数的火器，以及无数的宝贵天赋，实力再次大幅提升。
这是一场局部的中型世界末日，后果其实非常严重。
事实上，辽军的军阀化倾向就是从这里开始的。
这场战争的不良影响是立竿见影的，袁崇焕建立的关宁军被打得骨干千钧，约5万精锐部队被歼灭。 尤其是祖大寿部的一万多骑兵和射箭功劳，被后金君臣视为唯一威胁到他的明朝军队。 通过形成一个单独的阵型来对抗他们，并将他们聚集在一起，他们绝对可以成为皇太极的坚定支持者，不仅在战场上，而且在镇压八旗和蒙古部落内部的潜在反对。
这是一个巨大的收获！
趁着皇太极心潮澎湃，祖大寿提出返回锦州城作为内部回应，协助后金夺取锦州。 皇太极忍不住**，再加上祖大寿的亲戚和属下都在后津，所以他同意了这个主意。 祖大寿从原军中挑选了26名亲信，随他一起返回。
结果，没有回头路了。
祖大寿以这26人为骨干，自建前城。 因为祖家在辽东有威望、有地、有权、有财、有预备役，所以很快就又建起了一支战斗力不错的军队。
但总的来说，毕竟损失是巨大的。
或许就是从这里开始，祖大寿渐渐变成了暮色。
很多人可能会想，如果大岭河之战还在，会不会是一样的结果呢？
那么我们就要分析一下孙成宗和袁崇焕的区别。
孙成宗虽然有一定的指挥天赋，但与袁崇焕相比，他的军事天赋毕竟不如袁崇焕。
袁崇焕年轻精力充沛，气势骇俗，胆大妄为，对全军的掌控力是其他统帅无法企及的，而且他的地位也是在战场上一次次力挽狂澜、奖惩的过程中确立下来的，这与孙承宗的上司地位不同。
可以说，孙承宗的领导风格是传统的文人指挥方式，他基本不上前线，而是负责规划和后勤保障，基本采用信任、亲近等方式，让将领们充分发挥战斗力，战后奖惩公平， 这算得上是合格的指挥官，传统的指挥官。
但袁崇焕显然不同。
他是一个像唐朝节日使节一样的人物。
他性格张扬、凶猛、胆大妄为，不会受制于外军命令，毛文龙，这样一个挂印就杀的将军，说着就杀，以身作则，天赋异禀，通过后勤、军功和广大恩惠，他本来就有了唐朝节日使者的风范。
袁崇焕的问题主要是他太突出了，他的理念、战略、战术、适应能力都远超常人，如果军事能力能打分的话，崇祯20分，内阁平均50分，孙承宗65分，袁崇焕直接97分，很多决定大部分人根本看不懂，如果有秦昭襄王这样的君主，还能任上很长一段时间， 却不幸遇见了崇祯。
然而，在明朝的军事控制机制下，他的行为其实是在一再挑战皇帝和所有文官的心理底线，无疑是在自取死。
更何况，在大岭河之战中，登来都督孙远华派出了自己的援军，导致了新一轮的叛乱，这次叛乱的后果也非常严重。