早期筹备建党的人都是年轻人，没有收入，陈独秀、李大钊等人讲课、写文章做宣传组织赚的钱远远不够，所以经费问题成了中国共产党成立之初的大问题。
1920年成立上海分公司，21世纪初成立广东分公司。 党组织成立后，面临经费问题。 党的宣传刊物不得不停刊，启蒙和教育工人的工作不得不停刊。
即便如此，陈独秀仍然主张独立，反对接受共产国际的财政援助。 他曾在支部会议上说：“党员要一边工作，一边进行革命，我们党目前没有工作，要钱也没用，革命必须靠自己的力量才能做到最好，我们不能向第三国际要钱。 “我们不能要别人的钱，拿了别人的钱，就得跟他们走，要独立做，不被别人控制。” 总之，我不想被别人牵着鼻子走。 ”
1921年6月3日，共产国际代表马林抵达上海。 当时，陈独秀在广东，李达书记、李汉军书记拒绝了马林加入共产国际的提议，并按照陈独秀的意愿提供资金。
在马林的敦促下，上海市党支部向全国发出通知，要求各地派两名代表到上海参加“第一次全国代表大会”。 为了防止全国各地的代表因为差旅费问题而耽误参会，马林在发出邀请函的同时，给每位代表送了100元，他还多次发信电报，要求陈独秀回上海参加“第一次代表大会”会议， 甚至还派包惠生去广东接陈独秀。不过，因为陈独秀也是大学预科部的主任，他想争取一笔钱来修缮校舍，于是就任命包怀生代他出席“第一次全国代表大会”。
1921年9月，陈独秀在回上海的路上对鲍怀生说起了共产国际，“我们不需要依赖它。 “由中国人自己组织党，中国革命靠中国人自己来组织。 ”
对此，马林曾公开表示“一年来，第三国际在中国花费了20多万元，中国同志取得的成就让中国同志太惰了。”。陈独秀立刻与马林发生冲突，反驳道：“我们中的一半人用得太多了，以至于他们中有一半是第三国际的代表，他们把自己带到平房里吃面包，如何诽谤别人。 ”
马在与陈独秀的会谈中说，中国党应该听取共产国际的意见。 陈独秀说：“中国革命有中国的国情，目前不需要国际经济援助，中国共产党的工作也不需要凡事依靠国际社会，我们有独立性。 ”
1921年10月4日，陈独秀**。 各行各业都组织了救援行动。 10月26日，法院判处陈独秀明知拥有《新青年》杂志，并处以罚款500两，结案。 后来，陈独秀得知自己能够如此迅速顺利地出狱，除了来自各界的救助外，马林还下了不少功夫，花了很多钱开辟了各种关节，并邀请了法国著名律师巴赫出庭为他辩护。
陈独秀对包惠生说：“如果不是他救了，这个案子也不会很快顺利结案。 我要亲自去感谢马林。 马说：“中国党的一切工作完全在中国共产党的领导下，作为共产国际的代表，我只与中国共产党的最高负责人保持经常联系。 ”
陈独秀说：“中共支持共产国际，应该尊重共产国际代表的政策建议。 此后，陈独秀与马林景的关系有所改善，中共讨论了接受共产国际补贴的方法，从此中共接受了共产国际的领导和财政援助。