冷冻干燥机适用于大多数细菌、放线菌、病毒、噬菌体、立克次体、霉菌和酵母菌的真空冷冻干燥和保存，但不适用于霉菌菌丝型、蘑菇、藻类和原生动物。 生物菌株的冻干保存步骤如下：
1.安瓿管制备。
安瓿管材料适用于中性玻璃。 清洗安瓿管时，用2%盐酸浸泡一夜，用自来水冲洗，用蒸馏水浸泡至pH中性，晾干，贴标，标明细菌数量和时间，加入吸水性卫生棉条，在121高压灭菌15-20分钟，待置。
2.保护剂的选择和配制。
防护剂的种类应根据微生物的种类来选择。 配制保护剂时，应注意其浓度和pH值，以及灭菌方法。 若为血清，可过滤灭菌;牛奶应先脱脂，离心除去上层油，每隔100次煮沸2-3次，每次10-30分钟，备用。
3.冻干样品的制备。
在合适的培养条件下，将细胞培养至静止期或成熟期，经纯度检验后（参见科技部自然科技资源平台联合管理办公室文件《微生物菌种纯度检测技术规程》（试行）），与保护剂混合均匀，单独包装。 微生物培养物的浓度应不低于108-1010ml细胞或孢子（在大肠杆菌的情况下，为了获得每ml 1010个活细胞2ml-2）。5毫升，只需10毫升琼脂斜面）。使用较长的毛细管滴管，直接滴入安瓿瓶底部，注意不要溅到上管壁，每管用量约为01-0.2毫升，在球形安瓿的情况下，半个球。 在液体培养的微生物的情况下，应通过离心除去培养基，然后将培养物与保护剂混合，然后在安瓿中分装。 配药安瓿的时间应尽可能短，配药应在1-2小时内完成并预冻。 配药时应注意在无菌条件下操作。
4.预冻。 一般预冻2小时以上，温度达到-20至-35左右。
5.冷冻干燥。
用冻干机进行冷冻干燥。 将冷冻样品安瓿放入冷冻干燥机的干燥箱中，开始冷冻干燥，一般为8-20小时。
干燥时间的终止应根据下列条件来判断：
安瓿管中的冻干材料为酥脆或松散的片状;
空载时真空度接近最高值;
试样温度接近管外温度;
选用1-2根对照管，与细菌悬浮液量相等的水，作为干燥结束;
选择含1-2%氯化钴的安瓿管，如果变成深蓝色，可视为干燥;
冷冻干燥后，取出样品安瓿，放入干燥器中以备后用。
6、真空封口和真空检查。
用强火焰将安瓿管的颈部变薄，然后用真空泵在真空条件下加热和熔化安瓿管的颈部。 熔化后干燥管的真空度可采用高频电火花真空测试仪测定。
7. 保存。 安瓿应保存在低温下，避光保存。
8.质量检验。
冷冻干燥后，提取数个安瓿瓶进行成活率、生产能力、形态变异、杂菌污染等各项指标检查。