在蛋白质组学、代谢组学等组学研究中,血液是一种常见的样本类型。 然而,这种常见样本类型背后有一类更丰富的样本资源---FFPE(福尔马林固定和石蜡包埋)样本。
病理学相关的生物标志物研究通常需要从有限量的固定石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取核酸。 其中,研究转录组的一个主要挑战是提取的RNA数量和质量低,这限制了我们的分析能力,并对整体研究设计产生了重大影响。
1. FFPE RNA提取的难点
FFPE样品的RNA提取困难主要是由于此类样品离开人体后无法及时固定,面临核酸酶降解的影响,并且在固定化时,在高温环境中进行蜡浸泡,进一步促进了RNA降解的发生, 再加上长期在室温下储存,与外界接触,使得RNA降解普遍存在。由于这些原因,似乎不可能从FFPE样品中提取RNA。
2024年,RUPP等人首次从蜡块中分离出RNA后,发现用于制作FFPE样品的固定液可以使细胞中的RNA与其他大分子物质(如蛋白质)产生广泛的交联形成网络,从而避免核酸酶的降解而保存,另一方面, 核酸酶在固定剂的作用下也会在一定程度上甚至不可避免地变性失活,而这种本质是从FFPE样品中成功提取RNA的基础。
一般来说,核酸提取纯化有三个质检指标:核酸浓度、核酸纯度和核酸完整性,而FFPE样品因***处理而损坏核酸,影响下游应用数据的真实性,增加核酸提取难度。
固定对 DNA、RNA 和蛋白质的影响。
因此,提取ffpe在示例中rna存在以下困难:
1、核酸不同程度降解
2.分子间交联;
3、提取的核酸收率低,完整性不高,质量差,难以与下游qpcr、测序等应用兼容。
FFPE标本的核酸提取过程是一个复杂的多步骤操作,需要严格控制每个环节的条件和方法。 虽然FFPE标本的核酸提取具有挑战性,但随着科学技术的进步,出现了许多高效可靠的核酸提取方法和试剂盒,为FFPE标本在生物医学研究中的广泛应用提供了有力支撑。
任何懂医学的人FFPE 组织 RNA 提取试剂盒(磁珠法)。
该产品从固定石蜡包埋 (FFPE) 组织标本中分离出高质量的 RNA,旨在为客户提供一种简单、可靠和快速的方法。
产品优势:
该过程快速且安全:它不依赖有毒有机溶剂(如二甲苯)进行脱蜡,使用安全,操作方便。
高品质RNA产物:通过经过特殊表面处理的纳米级超顺磁珠选择性吸附核酸,最大限度地减少纯化 RNA 样品的基因组 DNA 污染,并提供 DNase 酶切选项。
灵活的使用场景:它不仅可以支持手动提取,还可以与液体工作站或全自动核酸提取仪高效配合使用,进行快速、大体积提取,提高整体效率。
个案研究
根据FFPE RNA是否包含特别小的片段RNA,我们有两种产品,产品1包括小片段RNA,产品2不包括小片段RNA。 如上图所示,客户可以根据自己的需求进行选择。