3月2日，海峡两岸代表再次举行第十三轮和第十四轮会谈。 在第13轮谈判中，大陆渔民家属的律师也出现在谈判桌前，经过80分钟的近距离讨论，双方代表表达了各自的立场。 会谈结束后，大陆代表没有透露任何信息，直接离开，对记者的提问保持沉默。
第14轮谈判，双方再次陷入僵局。 有传言称，大陆对台湾的态度不满，甚至拒绝参加会谈。 台海警卫队即将结束谈判，已经开始收拾行囊，却突然接到返回谈判桌的命令。 双方再次进行了持续一个多小时的谈判，但未能达成任何共识。
据台媒报道，双方对“撞车”事件的解释存在分歧，这也是谈判失败的重要原因之一。 大陆坚称，台湾海峡警卫船故意与大陆渔船相撞，导致渔船倾覆，造成两人死亡。 台湾海峡警卫队辩称，他们只是在依法驱逐越境渔船时发生意外碰撞。
经过13轮谈判，大陆代表始终保持克制和耐心，坚持要求台方披露真相、道歉、赔偿、追究责任，归还遗体和大陆渔船。 他们没有表现出任何诚意，一直在隐瞒真相、推卸责任、撒谎和欺骗。
台海警卫是谈判未能取得突破的根本原因，他们既不认错，也不追究责任，只想拖延时间，用钱解决问题。 前国民党“立委”蔡正元揭露台方伎俩，表现出漠不关心的态度，拒不道歉，拒赔，拒不追究责任！
尤其令人气愤的是，台海委员会委员长关碧玲颠倒黑白，企图混淆视听，刻意隐瞒真相、推卸责任，遭到国务院台办发言人朱凤莲的批评，被指责为“极度冷血”。 针对陆船倾覆引发的海峡两岸紧张局势，台湾资深人士何启生表示，“214.与船的恶性碰撞“是政治懈怠的结果”。
两岸紧张局势再度升级，两岸事务办公室主任关碧玲的一系列举动，引起台湾立法院内务委员会的关注。 据报道，关碧玲强调，专项报告的标题与事实不符，并在提交给立法院的书面报告中进行了修改。 原来关于金门撞船事件的报道改为禁止悬挂大陆国旗的快艇的事故，强调大陆渔船越境问题。 此举与台方代表的表态一致，但也引发了更多争议。
虽然台海巡逻队表现出强硬立场，并得到台军的支持，但谈判进展缓慢，短期内难以达成共识。 据报道，台湾军方计划成立一个濒海作战司令部，以处理濒海作战任务，包括为其配备岸基雄风反舰导弹和岸基鱼叉导弹。 此举引发了人们对台湾军方是否正在为冲突做准备的猜测。
台军成立“近海作战司令部”，谢汉兵等一些台湾时事评论员曾指出此举，虽然这个名字听起来很霸气，令人印象深刻，但实质上是台方认输的意思。 随着中国人民解放军在台湾海峡附近海域展开战斗巡逻，台湾军方似乎不知所措。
台军不得不承认，所谓的“海峡中线”已不复存在。 一旦冲突爆发，台湾的战略纵深将完全消失，压缩到只有24海里，解放军只需要一分钟就可以打到台湾岛。 面对解放军的军事实力优势，尤其是海空军的优势，台军无可奈何。如何应对这一挑战是他们最头疼的问题，他们别无选择，只能撤退到台湾岛，于是他们主动成立了“近战司令部”。
台湾当局可能仍然寄希望于押注美国，以向中国大陆施加压力，但这并不一定奏效。 多年来，美国对中国进行了各种镇压，包括**战争，但中国大陆没有屈服。 只要台方缺乏诚意，最终的结果就是生存空间进一步压缩，解放军在台海巡逻，而台湾方面则继续挣扎，结果只能是生存空间进一步缩小。