首先，主管部门不同。
看守所、看守所的主管机关是公安机关;
监狱主管部门为司法部下属的监狱管理局（局），最高行政部门为司法部。
2.拘留对象不同。
1. 看守所的在押人员分为两类：
首先是行政拘留。 主要用于一般违反《治安管理处罚法》的行为，是一种行政处罚。
二是刑事拘留。 主要是公安机关、检察院对现有罪犯或者主要犯罪嫌疑人采取的临时强制措施。
2.看守所对依法被逮捕、刑事拘留的犯罪嫌疑人，经法律文书出具后，予以羁押。
3.监狱关押从看守所移送监狱执行刑罚的罪犯，是执行刑法的司法场所。
3.拘留时间长短不同。
1、看守所：行政拘留最长期限为15日，合并拘留期限不得超过20日; 刑事羁押最长羁押期限为30日，公安机关一般在羁押嫌疑人后24小时内进行讯问，如果被羁押人获准逮捕，依照刑事诉讼法进行审判;
2、看守所：对于被判处有期徒刑的罪犯，在移交执行前，即入狱。 剩余刑期不足三个月的，看守所可以代为服刑，不用入狱;
3.监狱：依照刑法、刑事诉讼法的规定，被判处死刑二年缓期执行、无期徒刑、有期徒刑的罪犯，处有期徒刑。
四是法律依据不同。
1.看守所的法律依据是《刑事诉讼法》和《治安管理处罚法》;
2.看守所的法律依据是《刑事诉讼法》和《看守所条例》;
3.监狱的法律依据是《刑法》和《监狱法》。
总而言之，公安机关立案侦查后，仅违反《治安管理处罚法》的公民，将直接送入辖区内看守所行政拘留;
违反刑法规定需要刑事拘留的，公安机关在传唤完毕后将嫌疑人送交看守所刑事拘留; 案件初步侦查清楚后，向检察院提出逮捕申请，检察院审查合格后，出具被羁押人的逮捕文书，将案件交回公安机关进一步侦查，侦查完毕后移送检察机关审查起诉， 后移送法院审理，期间犯罪嫌疑人已被关押在看守所;
犯罪嫌疑人在看守所等待审判结果后，符合条件的，将送司法机关管辖的监狱服刑。