石帝是元朝专门设立的职位，体现了元朝对宗教的管理。 它起源于“国师”。 早在蒙哥汗时期，蒙古就任命和尚海云掌管教法，道士李长真掌管道教事务，克什米尔纳摩为国师，授予玉印，普世讲解教义，可见当时蒙古王室已经管理过各种宗教， 并任命了领袖，但每个宗教都由自己的人民领导。忽必烈成为大汗后，任命帕格巴为国师，这并没有超出蒙哥汗对纳摩和噶玛帕基的尊敬，但同时，他也利用帕格巴“为中原之首，统治天下”，这已经具有了使佛教高于其他宗派，成为王室专属信仰的意义。
1270年，元朝始祖忽必烈将帕格巴提升为“御师”（见第133页图片），从此至元朝灭亡，历代皇帝都被任命为皇帝。 藏族和汉族史书中记载的皇帝有十几位，除了一两位身份尚未确定外，其余都属于萨迦坤家族。 根据著名藏学家王森和东嘎洛桑赤利的研究，元朝皇帝的顺序如下：
帕格斯巴（1235-1280），1260年至1270年任国师，1270年至1280年任忽必烈国师;
仁钦坚赞（1238-1279），帕格巴同父异母的兄弟，1276年至1279年担任忽必烈的皇帝;
达摩巴拉（1268-1287），帕格·帕迪·查纳·多吉的儿子，1281年至1286年担任忽必烈汗的皇帝;
奕熙仁钦（1249-1295），帕格斯巴**，1286年至1291年担任忽必烈汗的皇帝
扎巴·奥瑟（1246-1303）是帕格斯巴的侍从，1291年至1303年担任忽必烈汗和袁成宗万泽都的皇帝
仁钦坚赞（1257-1305），第四任皇帝奕熙仁钦的弟弟，1303年至1305年担任元承宗万泽都皇帝
萨姆·波贝（1267-1314），第五任皇帝扎巴·奥瑟的侄子，1305年至1314年先后担任元承宗万泽都、元武宗曲禄、袁仁宗蒲延都的皇帝
贡嘎罗柴坚赞贝桑波（1299-1327），帕格巴的侄子，1315年至1327年先后担任元仁宗溥严都元英宗葛坚和元泰定铁木尔皇帝;
王楚尔在西藏，《元史：石老传》说，他在1323-1325年担任元太定帝和孙铁木尔的皇帝，但藏史书中没有记载，可能是贡嘎罗皇帝不在大都时追击坚赞贝桑波，他的事迹有待检验;
贡加里·毕珍坚赞三波（1308-1341），帕格巴的侄子，1328年至1329年担任元朝太定皇帝的御用顾问;
1329年至1332年登基为皇帝的仁钦扎西，也可能是暂时的**，《元史老传》中列举的皇帝，在藏史书中没有记载;
贡嘎坚赞三波（1310-1358），帕格巴的侄孙，1333年至1358年担任元顺皇帝;
法格斯巴的侄孙拉钦索南洛猜（1332-1362）在中国史料记载中没有记载，萨迦传承史说他是皇帝的老师，似乎在1358年至1362年期间是元顺皇帝的皇帝老师;
1362年后元末年任裘巴藏布，任皇帝的老师，进入明朝后，被封为“炽佛宝国师”。
皇帝地位崇高，当数百名官员上朝排队时，皇帝的座位旁边有一个特殊的座位。 朝廷对皇帝的尊敬和崇敬，“无所不用其极，虽然皇帝、皇后、妃子、领主都因为出家而受到崇拜。 出差时，皇帝经常派大臣来迎接和送行，甚至还借出半个仪仗队，共计1250人，为他开路。 每年二月，在办佛事时，都会派108名僧人、100部戏曲来引导皇帝到京城。 皇帝的赏赐非常丰厚。 每个皇帝登基时，都要特意“躬身赞美”，这种诏书“罗竺是字”，称为“朱昭”，即常见的“明珠诏”。 每一位皇帝立下后，皇帝也会赐予一枚地位高于金印的玉印，向天下下达诏书。
皇帝不仅在生前受到尊敬，死后也受到礼遇。 他死后，帕格斯巴不仅给了他一个头衔，还在京城为他建造了一座真身舍利佛塔。 当他到达袁英宗时，他还“命令每个县建造皇帝的八四巴宫，其制度是见孔庙”。 元泰立帝时，“皇帝画了八座四婆像十一，分给各省，供奉”。 在元朝的佛教活动中，皇帝圆寂的那一天与释迦牟尼佛涅槃的日子相同。
皇帝的地位是“在皇帝之下，一人之上”，即统治天下的皇帝的佛教导师。 他受到尊敬，对皇帝负有职责和义务：第一，传授佛法，传授戒律，举行入会仪式; 服从命令做佛事，希望延长圣洁寿命，为国家和人民的和平祈祷。 二是掌管天下僧尼，掌管佛事。 玄正院是管理全国佛教事务的行政机关，由皇帝掌管。 而且由于元朝主要利用佛教各教派的力量来统治全国的藏区，所以藏区的事务也都在皇帝的管辖之下。 三是负责弘扬佛教，弘扬佛教。 由此可见，皇帝是元朝的元朝前辈，一时不可或缺，当他因故不能在京师任职时，必须另任命一个人。
1264年，忽必烈迁都大都，并设立了一个名为“总制度院”的机关，负责国家的佛教事务和吐蕃地区的军事和行政事务。 后来，由于唐朝在玄正宫接待吐蕃使节，元朝于1288年改名为宣正院。
皇帝的职责之一就是“领导玄正院的事务”，也就是说，他是玄正院的最高负责人，但真正掌管玄正院的却是使者。 担任使节的人大多是朝廷的重要大臣，第一使者由尚书三阁右丞相兼任，袁仁宗、应宗由中州右丞相铁木蝶尔兼任，中州右丞相兼任伯彦， 元顺时为中枢右丞相，后封为“秦王”。由此可见，玄正院的重要性及其与中州和枢密院的密切关系。
在袁国使之下，还有知识分子同僚、副使、参议员等。 玄正院也有一些附属机构，如大都计划提升办公室、上都规划提升点、大都提升库等，主要管理京城和皇帝驻夏的上都的佛教及相关事务。 在一些地方，玄正院也有玄正院的分支。 元代有杭州星玄正元，掌管江南佛教; 吐蕃行玄正元，处理初宗佛教事务; 还有福建玄正园、陕西玄正园等。
在宣正元时期，元朝还先后在全国藏区设立了三个宣使司都元帅府，即：吐蕃的宣使元帅府等地，主要管辖今甘肃、青海两省的藏区，以及今四川甘孜、阿坝两个自治州的北部; 吐蕃等道路宣告元帅府，主要管辖今四川、云南两省的藏族地区; 吴思藏纳里孙等三方宣传使者前往司都元帅府，统治魏、藏、阿里三地区。 在三位宣府的元帅府下，还有一系列的**和组织架构，其中比较先进的，如宣府使的元帅、元帅、转运、万户和一些重要的千户，都是由皇帝或玄正元提名的， 然后由皇帝任命，万户之主和千户之主由当地僧人和俗家领袖侍奉，允许他们世袭，这经历了明清时期，直到近代。