LPS（脂多糖）中性溶液在室温下放置数月，其生物活性无明显变化，其生物活性可在4或低温冰箱中维持数年至数十年。 冻干LPS中性粉末，可在室温或冰箱中放置数十年或更长时间而不会失去其生物活性。
细菌LPS具有很强的耐热性，一般高压灭菌不能使其失活，115 30 min湿热只能破坏约25%的内毒素活性。 内毒素可在50%相对湿度下被环氧乙烷灭活。 当LPS水溶液在不同温度下处理时，发现在200 1 h时仍能检测到内毒素活性，当进一步加热至250 30 45 min或180 3 4 h时，活性完全消失。 我国2024年版《药典内毒素检验法》规定，玻璃器皿的热原处理为250°C干烘1小时以上。
LPS在室温下在酸性溶液中的部分降解主要是由于核心多糖与脂质A之间的糖苷键断裂，在加热条件下可以加速。 在 0在1N乙酸中，100、45min可使LPS失去90%的生物活性。 在加热条件下，强酸溶液可以完全破坏LPS分子。 50% 柠檬酸盐 （pH 1.）0） 水解反应性基团，如磷酸基团或脂质 a 的羟基脂肪酸。 碱性因子主要导致附着在脂质A骨架上的磷酸酯键和脂肪酸酯键水解，破坏脂质A结构，导致LPS分子失活。 因此，LPS应储存在中性低温条件下。
长时间（48h）和大剂量的CO60照射后，LPS的结构可以被完全破坏。 如果可能的话，对于不能用干式烘烤处理的实验设备，可以通过长期和高剂量照射去除LPS。
双氧水是一种强氧化剂，具有防腐、杀菌、除臭、清洗等功能。 其分解后，能释放出大量新的生态氧，可氧化分解LPS。 过氧化氢主要在LPS中脂质A还原端的C1位置裂解磷酸基团。 单磷酸盐脂质A的毒性明显弱于野生型LPS，这与过氧化氢降解LPS后毒性降低一致。
结果表明，氯石灰溶液（含5000mg L有效氯）在20 mg下灭活30min，氯胺T溶液（含5000mg L有效氯）20 min，灭活70 min，可灭活95%以上的LPS活性。 在60°C加热的条件下，等量的内毒素只需40min即可被氯胺T灭活2%酸性高锰酸钾2min，10%中性高锰酸钾可使95%以上的LPS失活160min。