华大智造DNBelab C系列2024年单细胞研究成果丰硕

小夏 文化 更新 2024-02-03

单细胞测序技术解决了细胞异质性的问题,大大提高了我们对生命系统理解的分辨率,已成为生命科学研究的常规方法。 华大智造单细胞平台在科研应用方面积累了一定的实践基础,涵盖多个研究应用领域,如:肿瘤研究、细胞分析、脑科学等

截至目前,基于华大智造的单细胞DNBELAB C系列产品(3'RNA和ATAC),共发表SCI**文章65篇。 其中,2022年发表36篇(其中《自然》主刊2篇),2023年发表21篇(含《细胞》主刊2篇),2024年发表2篇,累计影响因子超过1000点。

华大智造的单细胞平台在科研和应用方面覆盖了广泛的领域,特别是在科研和应用领域在肿瘤研究、细胞图谱、脑科学、免疫学等领域做出了突出贡献。文章中研究的物种,除了最多的人类和老鼠外,占338% 和 22除1%外,其他14种(如猴子、斑马鱼、蚂蚁、拟南芥等)也参与其中。 本文不仅介绍了单组学(RNA或ATAC)应用,还介绍了多组学联合分析有 9 篇关于 DNBELAB c-3'RNA 和 DNBELAB c-ATAC 与多组学单细胞技术的联合分析的文章,以及 8 篇关于 DNBELAB c-3'RNA 和 Stereo-Seq 与时空组学的联合分析的文章相关研究呈现出多模态化、精细化、立体化的趋势,表明DNBELAB C系列产品在单细胞领域的科研中发挥了关键作用,助力科学家在相关科研领域进行探索。

创新智能制造工具助力单细胞组学

进入标准化、规模化时代

华大智造自2019年在国内推出首个DNBELAB C4单细胞便携式平台以来,已成功推出三代单细胞3'RNA文库制备试剂盒。 目前,单细胞3'RNA-V30 该产品正在合作伙伴试用中,并获得了广泛的好评,该产品的最新版本是五年精心研发和改进的结果,采用了独特的多磁珠捕获池系统,性能优异。

产品展示捕获效率稳定以上不使用示例标签在这种情况下,最多可以接受一张幻灯片捕获10,000 个细胞样品标签、产品标记可以进行多重测序,最高可达可以捕获单个通道10,000 个细胞人外周血单核细胞(pbmc)和小鼠脑细胞核两种样品类型的每个细胞的样品平均值中位基因检测一切皆有可能不止于此;这些突破性的优化,标志着华大基因在单细胞领域的技术和应用达到了一个新的高度,为生物医学研究,特别是在精准医学和复杂的生物系统中提供了有力的工具。

人PBMCs,放入20,000个细胞,基因的中位数为2763个。

小鼠脑核,投入20,000个细胞核,基因的中位数为2657个。

此外,华大智造还布局了单细胞组学文库构建产品单细胞atac文库制备试剂盒,单细胞cut&tag库构建套件是一种基于硬件液滴微流控技术的便携式套件c4系统和独立的多通道taim 4(泰山提供单细胞液滴生成仪器;

便携式 C4 和独立多通道 TAIM 4 单细胞文库制备试剂盒。

华大基因的大规模原料生产和加工能力,大大降低了单细胞测序技术的成本,使研究人员能够以更低的门槛进入单细胞研究时代此外,华大智造的高通量测序、自动化样本处理和文库构建bit数据处理产品的布局和华大基因时空组学的领先技术,形成了完整、全面的一站式平台和前沿的实验室技术解决方案,用于细胞组学的布局推动更多研究人员大规模、标准化地生产单细胞数据。

华大智造全流程单片产品。

DCS多组学实验室。

此外,华大基因专注于单细胞测序技术推广应用的生态链构建,2023年新增哈尔滨星云生物科技有限公司、武汉爱基百科生物科技有限公司、华智生物科技有限公司三家认证服务商,使认证单细胞DNBELAB C系列产品服务总数达到国内12家。

2023年,新增三家单电池DNBELAB C系列产品认证服务商。

2023年基于华大智造的DNBELAB C系列

在单细胞平台上发表的研究**

1. single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex

doi:

杂志:cell(if=64.5)

发布者:中国科学院脑科学与智能技术卓越中心、深圳华大基因生命科学研究院等

科目:食蟹猴脑,snrna—1,493,240 个细胞核,立体序列—161 片。

使用技术或方法:组织包埋和切片、免疫组化染色、RNA 原位杂交、Stereo-Seq、DNbeLab C SN3'rna

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

建立了全面、完整的食蟹猴大脑皮层细胞类型分类方法。 采用Stereo-Seq技术揭示了264种细胞在大脑皮层中的全局分布,并对每种细胞类型的特异性标记基因进行了索引。 研究发现,大脑区域的不同细胞类型具有不同的密度、组成以及与大脑皮层水平的关系。 通过跨物种分析,发现灵长类特异性细胞类型主要富集在大脑的第四层,从而深入了解灵长类动物大脑的结构和功能。 2. live birth of chimeric monkey with high contribution from embryonic stem cells

doi:

杂志:cell(if=64.5)

发布者:中科院脑科学与智能技术卓越创新中心、上海市脑科学与类脑研究中心等多家单位开展合作。

科目:胚胎干细胞、PBMC、脑、心脏、肝脏、骨髓、snrna—50,812 个细胞核,scrna—5,230 个细胞

使用技术或方法:畸胎瘤形成、体外胚胎培养、胚胎移植、免疫荧光和 AP 染色、RT-qPCR、线粒体代谢、STR、SNR 和核型分析、流式细胞术、DNBELAB C SC3'RNA 和 SN3'RNA、SmartSeq2单细胞技术、WGS、甲基化、RNA高通量测序。

测序平台:bgiseq-500、dnbseq-t7、dnbseq-tx、abi prism 3730、novaseq 6000

文章研究亮点:

对不同多能性状态下的猴子胚胎干细胞进行综合表征。

优化嵌合培养工艺,提高胚胎干细胞在宿主胚胎中的渗透率。

建立了严格的评价体系,成功获得了胚胎干细胞贡献比例高的嵌合猴。

猴子胚胎干细胞可以分化成嵌合猴的生殖细胞和胎盘。

3. an invasive zone in human liver cancer identified by stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression

doi:

杂志:cell research(if=46.297)

发布者:中国精准医学中心、深圳华大基因生命科学研究院等多家单位。

科目:人类肝癌和仅次于肝癌的 snRNA—33,111 个细胞核,立体序列—98 个切片。

使用技术或方法:IF 和 IHC 染色、流式细胞术、ELISA、Stereo-Seq、DNBELAB C SN3'rna,bulk rna seq

测序平台:dnbseq-tx、novaseq 6000

文章研究亮点:

揭示了人原发性肝细胞癌中T、P、M和正常或转移LN的空间转录异质性。

确定肿瘤侵袭边界周围存在免疫抑制微环境,免疫细胞在该区域显著富集。

研究发现,JAK-stat3在侵袭区的激活诱导了受损肝细胞亚型SaaS的高表达。

SAA+ 肝细胞亚型有助于巨噬细胞募集和 M2 极化,从而影响肿瘤发展。

4. a single-cell atlas of west african lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization

doi:

杂志:nature communications(if=17.694)

发布者:中国科学院大学、哥本哈根大学等单位。

科目:肺鳃、肺、scrna—140,952 个细胞

使用技术或方法:fish,dnbelab c sc3'rna,10x genomics sc3'rna

测序平台:mgiseq-2000、dnbseq-tx

文章研究亮点:

揭示了淡水和陆地条件下西非肺鱼肺鱼肺和鳃的单细胞转录谱;

在非洲肺鱼适应陆生化的过程中,细胞类型保持不变,呼吸相关的肺和鳃细胞的代谢活动下调,即使在短期夏季冬眠期间也是如此。

通过跨物种比较分析发现,肺鱼的肺和高等哺乳动物的呼吸器官在细胞组成和关键基因方面具有同源性。

5. interferon stimulated immun eprofile changes in a humanized mouse model of hbv infection

doi:

杂志:nature communications(if=17.694)

发布者:广州医科大学第八附属医院、中国科学院生物物理研究所等单位。

科目:小鼠PBMC,心脏,肝脏,脾脏,肺,肾脏,肌肉,大脑。

使用技术或方法:质粒构建、CRISPR Cas9、流式细胞术、DNBELAB CS3'rna,bulk rna seq

测序平台:mgiseq-2000,dnbseq-t7,novaseq 6000

文章研究亮点:

利用CRISPR Cas9技术成功建立了人源性受体小鼠模型,该模型可以真实地模拟人类的干扰素反应。

结果表明,PEG-IFN 2对PBMCS的免疫激活反应与人PBMC相似。

全面描绘了人干扰素刺激的多个器官的转录组反应图谱;

人PEG-IFN2**显着降低Huifnar小鼠中的HBSA**。

6. gdf11 slows excitatory neuronal senescence and brain ageing by repressing p21

doi:杂志:nature communications(if=17.694)

发布者:浙江大学医学院、附属逸夫医院、复旦大学脑科学转化研究所等单位。

科目:小鼠、狨猴、人脑、snrna—24,803 个细胞核

使用技术或方法:OFT、PAT、NORT、EPM、3CT、TST 检测、质粒构建、CRISPR Cas9、ChIP-qPCRC、SA--gal、免疫荧光、免疫组织化学染色、透射、免疫电子显微镜、DNBELAB C SN3'rna,bulk rna seq

测序平台:dnbseq-tx,dnbseq-t7,novaseq 6000

文章研究亮点:

证实了生长分化因子11(GDF11)在中枢神经系统,特别是在兴奋性神经元中的高度特异性表达,发现GDF11的表达模式在小鼠、狨猴和人脑中显著保守。

在局部和全脑水平的兴奋性神经元中敲除GDF11削弱了小鼠的认知和记忆功能,表明GDF11在维持神经功能中起着重要作用。

GDF11 的敲低导致 PSMAD2 和 SMAD3 的上调,进而促进 P21 表达的增加,从而诱导细胞进入衰老状态。

GDF11能够通过抑制P21的表达来延缓兴奋性神经元和大脑的衰老过程,改善认知功能的衰老,维持小鼠的寿命。 这一发现为理解大脑衰老的机制和寻找潜在的抗衰老**策略提供了重要线索。

7. single cell multi-omics reveal intra-cell-line heterogeneity across human cancer cell lines

doi:杂志:nature communications(if=17.694)

发布者:南方科技大学、深圳华大基因生命科学研究院等单位。

科目:40 种人类癌细胞系,SCRNA - 23,089 个细胞,SCATAC - 54,597 个细胞

使用技术或方法:病毒包装和转导,DNBELAB C SC3'rna,dnbelab c scatac,bulk rna seq

文章研究亮点:

单细胞转录组和表观基因组测序揭示了癌细胞系内基因调控网络的异质性,这一发现有助于理解癌细胞内复杂的生物学;

分析了单细胞转录组与表观基因组之间的相互作用,这对于理解细胞状态和基因调控网络至关重要;

观察细胞株增殖过程中的转录动力学,为研究癌细胞增殖机制提供了新的视角。

缺氧环境可以驱动癌细胞异质性反应的发现,对于研究肿瘤微环境中的细胞行为具有重要意义。

single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment

doi:

杂志:nature communications(if=17.694)

发布者:中国科学院动物研究所、中信湘雅、北京医科大学第三医院等单位。

科目:人**,PBMC,scrna—21,489个细胞,scatac—24,005个细胞;

使用技术或方法:免疫荧光、免疫组织化学染色、细胞迁移、侵袭、流式细胞术、10x SC3'rna,dnbelab c scatac,cut&tag,10x visium;

测序平台:dnbseq-tx,novaseq 6000

文章研究亮点:

成功鉴定精原细胞瘤和原始生殖细胞之间的共同关键基因表达程序。 这一发现为理解这两种细胞类型的生物学提供了新的视角;

在肿瘤微环境(TME)中鉴定出15种不同的免疫细胞亚型,并结合空间转录组学研究发现,具有耗竭特征的免疫细胞亚型更可能位于肿瘤区域附近。 这对于了解免疫细胞在肿瘤微环境中的分布和功能具有重要意义;

深入表征转录因子TFAP2C促进肿瘤侵袭和转移的功能。 本研究为最佳肿瘤策略提供了可能的新靶点;

建立了原位人类精原细胞瘤微环境多组学图谱,为理解精原细胞瘤微环境的复杂性提供了宝贵的数据资源。

cancer-associated fibroblasts undergoing neoadjuvant chemotherapy suppress rectal cancer revealed by single-cell and spatial transcriptomics

doi:

杂志:cell reports medicine(if=14.3)

发布者:中山大学附属第六医院、华南理工大学等单位。

科目:人直肠癌,scrna—33,3285 细胞,stereo-seq—4+ 切片。

使用技术或方法:dnbelab c sc3'rna,stereo-seq

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

新辅助化疗对癌症相关成纤维细胞(CAFS)群体的重塑与**反应密切相关。 这一发现对理解化疗在癌症中的作用机制具有重要意义**;

研究发现,重塑的癌症相关成纤维细胞亚群能够通过空间募集和串联调控激活免疫反应,并通过多种细胞因子抑制肿瘤进展。

特别是,CAF FAP通过诱导MIR4435-2HG上调恶性细胞的上皮-间充质转化(EMT),导致患者预后恶化,这一结果为直肠癌提供了新的潜在靶点。

10. stem cell competition driven by the axin2-p53 axis controls brain size during murine development

doi:杂志:developmental cell(if=13.417)

发布者:中国科学院遗传与发育生物学研究所.

科目:小鼠脑,scrna—18,951 个细胞

使用技术或方法:质粒构建、半乳糖苷酶、免疫组织化学染色、原位杂交、病毒包装和转导、批量 RNA-seq、流式细胞术、蛋白质印迹、免疫共沉淀、DNBELAB c scrna、Smart-Seq2、批量 RNA-seq;

测序平台:dnbseq-tx,hiseq2500

文章研究亮点:

它揭示了神经干细胞(NPC)之间存在内源性细胞竞争。 这一发现对理解神经干细胞的生物学具有重要意义;

研究发现,在嵌合环境中,axin2缺失的干细胞被消除,而p53突变的干细胞显著扩增,这为理解干细胞竞争的分子机制提供了新的视角。

已经证实,神经干细胞的竞争过程在调节大脑大小方面起着关键作用,这一发现对大脑发育的调控机制具有重要的科学价值。

single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis

doi:杂志:scientific data(if=9.8)

发布者:深圳华大基因生命科学研究院、华中农业大学等单位。

科目:斑马鱼胚胎,scrna—62,699 个细胞,scatac —51,620 个细胞

使用技术或方法:dnbelab c scatac

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

在斑马鱼胚胎发育第一天的不同时间点成功建立了SNATAC-Seq图谱,为早期胚胎发育的研究提供了有价值的基因调控信息。

数据分析表明,SNATAC-SEQ数据中的基因活性评分与SCRNA-SEQ数据中的基因表达值之间存在良好的相关性,这一发现验证了SNATAC-Seq是研究基因表达调控的有效工具。

a scatac-seq atlas of chromatin accessibility in axolotl brain regions

doi:杂志:scientific data(if=9.8)

发布者:南方医科大学深圳华大基因生命科学研究所.

科目:蝾螈脑,scatac—81,199个细胞

使用技术或方法:dnbelab c scatac

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

成功绘制了蝾螈大脑的Scatac-seq染色质可及性图谱,为理解蝾螈大脑的遗传调控提供了宝贵的资源。

Scatac-Seq分析揭示了每种细胞类型独有的一组独特的调控元件; 这一发现对于理解蝾螈大脑中的细胞特异性基因调控具有重要意义。

13. deciphering the distinct transcriptomic and gene regulatory map in adult macaque basal ganglia cells

doi: 杂志:giga science(if=9.2)

发布者:华大基因生命科学研究院。

科目:食蟹猴脑,SCRNA - 101,431 个细胞,SCATAC - 170,608 个细胞

使用技术或方法:dnbelab c sc3'rna,dnbelab c scatac

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

利用scRNA和scatac技术,对超过27万个单细胞的数据进行了分析,构建了食蟹猴基底神经节的精细单细胞图谱。

在基底神经节中,神经元和非神经元细胞表现出明显不同的基因表达和表观遗传调控模式。

鉴定出一组与神经退行性疾病相关的星形胶质细胞,并在食蟹猴的基底神经节中具有特异性;

结合食蟹猴基底神经节细胞的表观遗传景观和人类疾病遗传学,鉴定出一个由与精神疾病相关的顺式调节元件组成的调控模块。 这一发现为理解与精神病相关的基因调控机制提供了新的视角。

14. a single-cell transcriptome atlas of pig skin characterizes anatomical positional heterogeneity

doi:

杂志:elife(if=8.713)

发布者:四川农业大学等单位。

科目:猪**(头部、耳朵、肩部、背部、腹部和腿部)、scrna—233,715 个细胞

使用技术或方法:免疫荧光染色,DNBELAB C SC3'rna

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

构建了不同成年猪6个解剖部位(头、耳、肩、背、腹、腿)的单细胞转录谱,为生物学研究提供了全面的细胞水平数据。

揭示了与解剖位置和品种相关的特定基因表达模式,以及它们在免疫反应和细胞外基质(主要是胶原蛋白)合成中的生物学功能;

研究发现,猪在细胞类型组成和基因表达模式方面与人类非常相似,这表明猪可以用作研究人类的有效模型,特别是在单细胞水平上。

15. stemness-related genes revealed by single-cell profiling of naïve and stimulated human cd34+ cells from cb and mpb

doi:杂志:clin. transl. med.(if=8.554)

发布者:中国科学院大学、深圳市儿童医院等单位。

科目:脐带血、动员的外周血、scrna—16,196 个细胞

使用技术或方法:磁珠富集细胞,流式细胞术,DNBELAB CS3'rna

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

详细分析了人脐带血和动员外周血中原始体外培养的CD34+细胞的转录谱。

利用单片眼镜软件绘制所有细胞的分化轨迹图谱,发现7个分支,其中大部分是位于轨迹尖端附近的造血干细胞多能前体细胞;

CS-SRG(脐带血特异性干细胞相关基因)和CT-SRG(动员外周血特异性干细胞相关基因)共享丰富的信号通路,动态蛋白的翻译和加工可能是维持干细胞特性的共同要求。

利用CMAP软件对CT-SRG进行小规模药物筛选,发现葫芦素I.在保持造血干细胞特性的同时,能有效增强造血干细胞的体外扩增,为造血干细胞的应用和**提供了新的可能性。

16. single-cell and spatial transcriptomics reveal postn+ cancer-associated fibroblasts correlated with immune suppression and tumour progression in non-small cell lung cancer

doi:

杂志::clin. transl. med.(if=8.554)

发布者:深圳、北京大学、深圳医院等单位。

科目:人肺癌、肺旁癌、远端肺正常组织、scrna-16、2 036 细胞、stereo-seq-15+ 切片。

使用技术或方法:免疫组化、miHC 染色、DNBELAB C SC3'rna,stereo-seq

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

在晚期非小细胞肺癌(NSCLC)中,Postn+癌相关成纤维细胞(CAFS)富集,并表现出与细胞外基质重塑、肿瘤侵袭和免疫抑制相关的基因表达特征。

Postn+ CAF 与 SPP1+ 巨噬细胞紧密定位,并与表型耗尽的 T 细胞减少相关,表明这些细胞在肿瘤微环境中的相互作用和免疫抑制机制。

POSTN和POSTN+ CAFs的表达被确定为非小细胞肺癌的重要预后因素,为肺癌的生物标志物研究和靶点开发提供了新的线索。

. uncovering the prominent role of satellite cells in par**ertebral muscle development and aging by single-nucleus rna sequencing

doi:杂志:genes & diseases(if=7.376)

出版表位:香港大学深圳医院、青岛华大基因研究院等单位。

科目:小鼠椎旁肌肉,scrna—34,589个细胞

使用技术或方法:dnbelab c sn3'rna

测序平台:dnbseq-g400

文章研究亮点:

成功构建了涵盖从小鼠胚胎到老年的所有阶段的椎旁肌肉的单细胞转录**图谱。 这提供了对椎旁肌肉发育和衰老的详细细胞水平见解;

结合 69 个公共数据集和本研究的数据,建立了骨骼肌单细胞数据库。 该数据库为研究骨骼肌的发育、功能和疾病提供了宝贵的资源。

18. cell atlas of ccl4-induced progressive liver fibrosis reveals stage-specific responses

doi:杂志:zoological research(if=6.975)

发布者:吉林大学、广州医科大学等单位。

科目:小鼠肝脏,scrna:49,919个细胞

使用技术或方法:免疫荧光、单分子荧光原位杂交和组织学染色,DNBELAB C SN3'rna

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

构建了四氯化碳诱导小鼠肝纤维化进行性发展的动态单细胞核转录谱。 这为理解肝纤维化的细胞机制提供了新的视角;

揭示了肝纤维化不同阶段肝星状细胞活化的分子路线图。 这一发现对于理解肝星状细胞在肝纤维化中的关键作用至关重要;

观察了肝纤维化不同阶段血管生成反应的动态变化,增加了对血管生成在肝脏病理学中的作用的认识。

分析了进行性肝纤维化过程中的细胞间通讯网络和特异性基因调控网络,对开发新策略具有重要意义。

18. cell atlas of ccl4-induced progressive liver fibrosis reveals stage-specific responses

doi:杂志:zoological research(if=6.975)

发布者:吉林大学、广州医科大学等单位。

科目:小鼠肝脏,scrna:49,919个细胞

使用技术或方法:免疫荧光、单分子荧光原位杂交和组织学染色,DNBELAB C SN3'rna

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

构建了四氯化碳诱导小鼠肝纤维化进行性发展的动态单细胞核转录谱。 这为理解肝纤维化的细胞机制提供了新的视角;

揭示了肝纤维化不同阶段肝星状细胞活化的分子路线图。 这一发现对于理解肝星状细胞在肝纤维化中的关键作用至关重要;

观察了肝纤维化不同阶段血管生成反应的动态变化,增加了对血管生成在肝脏病理学中的作用的认识。

分析了进行性肝纤维化过程中的细胞间通讯网络和特异性基因调控网络,对开发新策略具有重要意义。

19. single-cell and spatiotemporal transcriptomic analyses reveal the effects of microorganisms on immunity and metabolism in the mouse liver

doi:杂志:computational and structural biotechnology journal(if=6)

发布者:深圳华中农业大学华大基因生命科学研究所.

科目:小鼠肝脏,scrna—14,586 个细胞,snRNA—21,947 个细胞核,立体测序

使用技术或方法:dnbelab c sc3'rna、sn3'RNA、Stereo-Seq、非靶向代谢组学、免疫荧光染色。

测序平台:dnbseq-t7,dnbseq-tx

文章研究亮点:

构建了无菌和无特异性病原体小鼠肝脏的详细单细胞和序列转录谱。 本研究为理解微生物影响下肝脏的生物学变化提供了基础;

Stereo-Seq 数据用于确认微生物介导的 Kupffer 细胞在门静脉周围区域的积累。

Stereo-Seq技术根据不同水平的基因表达水平,将肝小叶精确地分为8层3模,增加对肝脏结构和功能的了解。

肝脏非靶向代谢实验显示,无菌小鼠丙酸盐水平显著降低,这可能与胆汁酸和脂肪酸代谢相关基因的调控有关,为肠道菌群与肝脏代谢的相互作用提供了新的见解。

microbiota-mediated shaping of mouse spleen structure and immune function characterized by scrna-seq and stereo-seq

doi:杂志:journal of genetics and genomics(if=5.723)

发布者:深圳华大基因生命科学研究院、中山大学等

科目:小鼠脾脏,scrna—33,572 个细胞,立体测序—8 10 个切片。

使用技术或方法:dnbelab c sc3'rna,stereo-seq

测序平台:dnbseq-tx

文章研究亮点:

使用无菌和病原体特异性游离 (SPF) 小鼠的 ScRNA-seq 数据集揭示了脾脏中的多种免疫景观。 这为理解脾脏的免疫功能提供了新的视角;

它显示了微生物群如何塑造小鼠脾脏的解剖结构和免疫功能。 这一发现对于了解微生物群与宿主免疫系统的相互作用至关重要;

在缺乏微生物群的小鼠中发现紊乱的脾脏分层揭示了微生物群在维持脾脏结构和功能稳定性方面的关键作用。

21. single-cell chromatin accessibility profiling of cell-state-specific gene regulatory programs during mouse organogenesis

doi:杂志:frontiers in neuroscience(if=4.3)

发布者:杭州华大基因生命科学研究院.

科目:小鼠胚胎,SCATAC:101,599个细胞

使用技术或方法:DNBeLab C SCATAC、SCATAC 和 SCRNA、SCRNA 和 Stereo-SEQ 数据集成分析。

测序平台:dnbseq-t7,dnbseq-tx

文章研究亮点:

构建了小鼠体细胞发生过程中跨发育轨迹的动态单细胞ATAC(SCATAC)景观,揭示了器官发生中重要的细胞类型特异性调控网络。

特别关注脊髓谱系中细胞类型特异性调控谱的表征,以及发育轨迹的重建。 这为理解脊髓发育提供了新的视角;

这些数据已被用于识别胚胎发育过程中的细胞类型相关性状和潜在的疾病联系,为未来的研究提供了重要基础。

补充:多年来在DNBELAB C系列单电池平台上发表的文章

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