电影《明大劫》讲述了明朝崇祯十五年（1642年）的故事，内外纷乱，内瘟猖獗，外来敌人纷纷进攻。 崇祯帝只好释放了身陷囹圄的孙传庭，率领军队攻敌。 周行医生吴能帮孙传亭**治军瘟疫。 瘟疫可以治好，但明朝已经到了绝症的地步，再也治不了了。
电影通过两条线讲述了故事，一条是将军孙传亭，另一条是医生吴有可，两人都在各自的领域积极应对，医生能治瘟疫，将军救不了明朝。
奉命面对皇帝询问的孙传亭说，他可以用5000名精锐士兵进攻。 此时的孙传亭刚从死囚牢房出来，对外面的情况还不太了解。 到了潼关，孙传亭才知道事情的严重性，瘟疫是一回事，但更重要的方面是，军中的**不老练，粮食不够，乡绅为了自己的利益，在军中占有粮田，不出钱。 瘟疫和军队中的各种情况，使孙传亭一次又一次地推迟了出关的时间。 孙传亭只好用武力手段，让乡绅交出钱来改进武器，在出关前把得了瘟疫的人都杀了。 这是没有办法的，如果你出去了，瘟疫的人带不带会很棘手。
吴有可因为受不了职场的气氛，选择成为一名旅行医生。 当他叛逃到他的主人那里并跟随他到军队接受治疗时，他发现了瘟疫。 因为与师傅的不和，他选择再次成为一名旅行医生，发现周围的村庄都陷入了困境。 当他回来时，主人已经死于瘟疫。 吴有可继师傅为军医，他用自己的方法**瘟疫，隔离生病的士兵。 在得知孙传亭即将出关后，他杀掉了所有生病的士兵，再次选择成为一名旅行医生，并没有跟随孙传亭出关打仗。 最后，吴有可将自己的医术总结成书，传了下去。
孙传亭和吴有可，虽然是一书生一武者，但还是有相似之处的。 虽然身处乱世，但两人都是理想主义者，无论遇到多少困难，孙传亭还是会率兵出关出征，哪怕他知道这一仗未必打不赢; 吴有可会主动**那些得了瘟疫的士兵，哪怕他们知道自己最后可能会死。 一文一武，两者还是有区别的，作为医生，吴有可的职责就是治病救人，他不明白孙传亭为什么在出关时杀了生病的士兵，但作为孙传亭将军，他也没办法。 孙传亭的狠心早就表现出来了，一是在粮库的时候，当着小姑娘的面杀了父亲，二来是当着老婆的面杀了绑架妻子的绑匪。
最终，孙传亭率领士兵出关，战死在战场上，吴有可躲藏起来完成自己的医疗工作。 在当时身患绝症的明朝，无论是英姿飒爽的孙传霆，还是冷漠的吴有可，都救不了疲惫不堪的明朝，也无能为力。 在电影中，吴有可说，“我积敛了很久的恶，盲目吃强药是治不了病的。 “我觉得对于明朝来说，孙传亭是猛药。 只不过，对于长期受苦的明朝来说，已经没有用了。