毕达哥拉斯出生于萨摩斯岛，公元前六世纪下半叶，他在意大利南部的克罗顿创立了该协会。 毕本人是爱奥尼亚人，毕学派的早期成员说爱奥尼亚方言。 这个社会的起源，就像其创始人的生活一样，是晦涩难懂的。
在希腊人的世界里，创建一所学校可能并不新鲜。 我们无法确定这一点，但很有可能早期米勒杜学派的儿子们创立了与学校相当的组织。 然而，毕达哥拉斯学派与其他人的不同之处在于他们是禁欲主义者和宗教信仰者。
当爱奥尼亚文明走到尽头时，出现了宗教复兴，但这场运动要扩展的纯粹宗教元素既不是奥林匹亚的神话，也不是米勒图斯的宇宙观。 就像在罗马帝国时代一样，当一个社会失去原来的活力和创造冲动并趋于衰落时，怀疑主义和奇迹宗教就出现了; 我们在爱奥尼亚丰富的商业文明的末期看到了类似的趋势。 毕达哥拉斯学会代表了这种宗教复兴的精神，并将其与非常明显的科学精神相结合，凭借这种精神，他们有资格进入哲学史领域。
奥菲学派和毕达哥拉斯学派之间肯定有相似之处，但要辨别两者之间的明确关系以及奥菲学派教义对毕达哥拉斯学派的可能影响并不容易。 奥菲斯教派教导和激发信仰，组织各种团体过着共同的生活方式，还提倡灵魂轮回，这是毕达哥拉斯学会的明确教义，所以很难想象毕达哥拉斯不会受到奥菲斯教派的信仰和实践的影响， 尽管毕达哥拉斯与提洛岛有关，而不是与狄俄尼索斯宗教的提里斯有关。
说毕达哥拉斯学派是一个政治团体，但说他们本质上是政治的，这是完全不准确的。 是的，毕达哥拉斯不得不在希隆的坚持下离开克罗顿前往米塔彭登; 但要解释这一点，似乎没有必要假设毕氏支持某个**派系的特殊政治活动是被触发的。
毕氏社的儿子们在克罗顿和大希腊的其他城市拥有真正的政治权力，这一事实并不一定表明他们本质上是政治性的，而不是希波菲斯所记录的宗教性质，希波菲斯的行会被烧毁，他们的追随者在公元前 440-430 年左右遭到火烧，** 尽管这并不一定意味着它们本质上是政治性的而不是宗教性的。
几年后，它复活了，并继续在意大利运作，特别是在塔伦通地区，阿基塔斯在公元前四世纪上半叶以其代表而闻名。