日本海军航空兵部队的组织层次结构如下：
空军 - 空军，联合空军 - 空军 - 支队 - 小队。
1941年4月，航空母舰首次编入第1航空舰队，中途岛战败后，第1航空舰队被撤销，航空母舰编队以空军形式混入第3舰队。 其他机队实际上是海军的陆基航空部队，陆基空军和空战部队也可以并入其他各种机队。
第1航空队 （1）：1941年4月组建的航母编队，由南云忠一指挥，管辖第一航空队，装备有零战、99舰爆、97舰攻击等舰载机。 在第一次远征中，第一航空队的六艘航空母舰被用作攻击珍珠港的机动部队。 1942年2月，他从大陆南下，编入近藤信武南部部队，先是进攻东南部的新不列颠岛和新几内亚岛，然后进入班达海和爪哇海进攻澳大利亚达尔文港，并参加爪哇行动。 4月，它进入印度洋作战，轰炸锡兰岛。 在中途岛行动中，它是机动部队的主力，第1航空队负责轰炸中途岛并发现并摧毁美国**队，第4航空队袭击了阿留申群岛。 中途岛战败后，它于7月被撤销。
第1航空队（2）：1943年7月，第1航空舰队成立，最初直接隶属于大本营，不久隶属于联合舰队，总部设在天宁岛，是继第11航空舰队之后新陆上空军的主力。 最初，它有两个航空兵团和17个航空兵团，拥有约1,200架飞机。 1944年6月马里亚纳行动前夕的机构情况是：
第61航空队（马里亚纳群岛）有9个航空队和672架飞机
第22航空队（加罗林群岛）有8个航空队和552架飞机
第23航空队（澳大利亚北部）有3个航空大队和168架飞机
第26航空队（菲律宾）有3个航空队和240架飞机
马里亚纳行动后，舰队司令部撤回菲律宾宿务，参加台湾沿海空战。 10 月 15 日，驻扎在达沃的第 26 航空队司令有马正文在试图撞击一艘美国航空母舰的 1 型陆地攻击中被击落身亡，这是日本海军航空兵自杀式袭击的前奏。 10月底，莱特湾海战后，第1航空舰队迁往台湾，1945年5月由高雄卫戍部兼任，6月出售。
1943 年 8 月，黑岛龟门担任军事指挥部第二任部长时，海军的特种攻击战术和技术准备正式确立，第一次实施是在第 1 航空舰队。 1944 年 10 月，舰队第一任指挥官大西泷次郎在马尼拉基地组建了由关上尉率领的第 1 神风特攻队。 25日，管兴南的舰队在萨马岛附近海域击沉了美国护航航母“三罗”号，舰队23人全部遇难（关兴南是追击金忠左的第70海军士兵）。 战后，有9564名日军士兵直接在特攻作战中阵亡，80%以上的海军官兵，其中大部分是航空兵。 大西泷次郎被公认为海军空袭的始作俑者，当日本宣布投降时，军指挥部副部长大西泷次郎于同日自杀身亡，他的遗言是“告突击队的英雄精神......我将把我的死献给我以前的下属和他们的家人的灵魂。，这可以看作是对特殊攻击死亡的解释。
第二航空队：1944年6月，在高雄成立，司令员是傅六凡。 他负责台湾与西南群岛之间的空中作战，并管辖台湾第21航空队和西南群岛第25航空队。 10月中旬，台湾沿海航空兵为主力，随后西南方面舰队进驻吕宋岛，在莱特湾作战，24日，一艘彗星船爆炸，严重损坏了普林斯顿号航空母舰（后来自行沉没）。 数百架飞机在战斗中丧生，次年1月，由于前线向北移动，战线被撤回。
第三航空队：1944年7月，联合舰队在大陆成立，驻扎在千叶县的木更津，作为大陆的东部防御，最初由第27航空队管辖。 硫磺岛战役后，他参加了对九州南部冲绳的特别攻击。
第5航空队：1945年2月，他驻扎在九州大分，担任西部地区的防御。 8 月 15 日，天皇诏书播出 5 小时后，舰队司令宇垣远玄（曾任山本五十六的参谋长）率领一组彗星船从大分基地飞往冲绳岛。 关于宇垣舰队的下落有多种说法，但由于没有盟军的记录，这个词被列为日本投降后的自杀，而不是在战斗中死亡。 两天后，久坂龙之介接任第5航空舰队司令。 8月15日，确实有记载，宇垣决定发动最后的特攻，随行的官兵们当然知道此行的目的，但谁也不知道宇垣最终是如何改变主意，放弃特攻的。
第10航空舰队练习联合航空队：1943年2月，联合航空队在该州成立，作为飞行训练部队，其管辖下属第一支联合空军。 1945 年 3 月，联合航空队改编为第 10 航空舰队，并担任中部地区防卫作战司令前田稔。
第11航空队：1941 年 1 月，所有用于对外战争的陆基空军都组建为第 11 航空舰队。 一开始，它隶属于隶属于舰部队第34驱逐舰大队的第1航空旅。 第11航空舰队一成立，就接管了由中国舰队指挥的对中国大陆的轰炸。
12月10日，驻扎在西贡的松永镇第22航空舰队出动了26架1型对地攻击和68架96式对地攻击，击沉了英国东方舰队主力威尔士亲王号战列舰和战列巡洋舰敌敌号。 1942 年初，第 11 航空舰队司令部驻扎在天宁岛指挥南部的行动，在主要战区的罗蒙行动中损失了 6,000 架飞机和 2,362 名飞行员。 12月，它被转移到拉包尔，并与第8舰队并入东南方面舰队，并缩减为一支地区部队。 直到战争结束，舰队一直被困在该地区，只有第 958 航空队在其管辖范围内。
第12航空队：它成立于 1943 年 5 月，并于 8 月并入东北方面舰队，司令官户冢道太郎兼任东北舰队司令官，后来司令官后藤英司和宇垣万司司令员兼任司令官。 1943年底，他参加了马绍尔群岛行动，遭遇了惨败，东北方面舰队被废除后，直接隶属于联合舰队，1945年2月，由大里卫戍司令部兼任。
第13航空队：1943年9月，西南方面舰队依次成立，即西南方面舰队司令部兼任西南方面舰队司令部，西南方面舰队移驻菲律宾后隶属于第10方面军舰队，驻扎在新加坡。 早期，他负责第一航空队，先后指挥高须四郎和三河军。
1.大川内传。
第七，田地稳定，祝福多方。
第14航空队：1944 年 3 月，中太平洋舰队依次成立，由最初管理第一航空队的南云忠一成立，在 7 月的塞班岛行动中被摧毁和撤销，成为寿命最短的航空舰队。
战争结束时，美国海军作战部长金和太平洋舰队司令尼米兹就以下人事规则达成一致：所有舰队和特遣部队的指挥官和参谋长必须具有担任海军部队首席军官的经验，其中一人担任航空部队首席军官。 相比之下，日本陆军和海军航空兵部队指挥官的任命很少考虑专业背景。
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