1.水务行业信息化建设缺乏统筹规划。
地方水务管理部门的需求分析缺乏必要的科学理论方法，仅以项目和信息技术为驱动，将水信息化建设作为业务应用开发的一部分提出，缺乏统筹规划。 也是行业主管部门制定的智慧水务信息系统建设缺乏顶层设计，结合水务行业信息化发展经验，制定前瞻性管理和信息系统规划，利用云计算和大数据技术构建可扩展的智慧水务信息平台， 打通行业信息孤岛，实现数据互联互通共享，提升供水业务运营监管能力，实现城市供水智能化运营，提升供水企业管理服务水平。
2.水务行业信息系统建设的标准规范难以统一。
住房和城乡建设部于2024年底发布了《智慧水务信息系统建设与应用指南》，但由于近年来水务行业信息化发展迅速，由于行业标准的建立，难以跟上发展的步伐。
3.业务流程不统一。
1.非标准化。
许多业务流程没有相应的国家统一规范和要求，各地区、各单位根据自身需求制定自己的工作规范和标准，信息无法互通共享。 由于业务流程不规范，仍保留原有的管理模式，水务行业的信息化仅实现了现有管理模式的计算机化。 没有信息流动，没有资源共享，没有办法协同工作，没有办法充分发挥信息系统的优势。
4.这些系统是分散的，彼此独立。
整个水务行业主管部门缺乏统筹规划，不同部门独立经营，信息化建设的目的是以独立项目为重点，导致各系统相互封闭，信息分散，连续性和协调性差，无法很好地共享和交换信息，导致形成许多“数据烟囱”和“信息孤岛”， 这极大地制约了智慧水务行业的信息化发展。
5.投资不足，技术人员短缺。
资金匮乏、技术匮乏、专业人才匮乏是困扰水务信息化发展多年的难题之一。 一方面，水务信息系统的建设非常复杂，需要长期建设的系统工程需要大量的投资支撑，而这方面的持续投入相对较弱另一方面，水务信息系统建设涉及的学科较多，知识体系复杂，水务行业和信息化缺乏跨学科专业人才，直接制约了水务信息化的建设、应用和发展。