第一种称为遗传易感性，在我们的学术界普遍认为克罗恩病是一种遗传性疾病。
第二种免疫系统异常 免疫系统在克罗恩病的发生发展中起着重要作用，这可能是由于机体免疫系统的异常反应，导致对正常肠道菌群、食物或其他物质反应过度，引发肠道炎症。
引起炎症的第三个消化道是免疫系统的紊乱当我们的消化道不断接触来自我们的食物或环境中的细菌和病毒等病原体时，我们的肠道免疫系统会努力调动全身的资源来对抗病毒和细菌，但是当这些病毒或细菌被摧毁后， 免疫系统不会立即关闭，然后引起相关的炎症。
第四种是肠道菌群失调，其中肠道微生物群是人体肠道中与宿主肠粘膜共生的生物体的集合。 在克罗恩病患者中，肠道菌群存在失调。这可能与克罗恩病的炎症反应有关。