用户评价丨晶莹生物基于MGI制造的GMBSEQ G99环境DNA检测解决方案

小夏 社会 更新 2024-01-29

环境DNA测序技术可应用于水、土壤和大气环境的监测,是评估生态环境和生物多样性状况的重要手段,也是环境科学研究领域的重要工具。

为共同构建环境DNA研究生态,聚焦组学研究热点基于华大智造DNBSEQ-G99平台,中国环境DNA检测领域的领军企业林恩生物启动了EDNA Metabarcode(环境DNA宏条码)检测项目。

EDNA(Environmental DNA,环境DNA)是指存在于环境介质(土壤、水、空气)中的DNA,在我们生活的环境中,到处都有生物体释放的DNA(如毛发、粘液、唾液、尿液和粪便等)。

图1 edna**。

使用高通量测序技术来检测和分析环境样品中每个物种释放的痕量DNA,可用于在不破坏生态系统的情况下检测物种的存在,或识别特定物种的物种。 动态EDNA检测还可用于研究生物多样性的动态变化和监测生态系统的演变。 基于高通量测序的EDNA检测技术具有灵敏度高、分辨率高、高效快速、样本量要求低等特点,已成为研究生态环境的有力工具,未来将赋能多个应用方向。

图2EDNA检测技术的应用方向。

受益于“速度之王”DNBSEQ-G99的优势,快速、灵活、简单,并具有多种读取长度选择基于G99平台,林恩生物推出EDNA MetaBarcode测序技术服务,在保证更快交付准确可靠的检测数据的前提下,提高EDNA检测效率,降低相关项目的科研成本,更好地服务于我国环境生态工作。

产品解决方案

EDNA多样本型数据库构建:淡水鱼EDNA检测水样,引物选择:Tele02,扩增子长度200bp。

对沉积物样品进行水生植物EDNA检测,引物选择:RBCl,扩增子长度520bp。

测序方案:MGI DNBSEQ-G99(PE300测序)。

分析方案:LINN Biotech配备了EDNA分析方案。

检验流程

图3EDNA宏条形码测序技术检测过程示意图。

EDNA用于检测物种的检测

无论是短扩增产物(如淡水鱼EDNA引物TELE02)还是长扩增产物(如水生植物EDNA引物RBCL),G99平台都能高灵敏度检测物种的存在。

图4EDNA物种水平的分类统计(上图:水生植物研究;下图:淡水鱼研究)。

注意:测序方案和结果**来自Linen Biotech。

除了更短的测序周期和更高效的检测外,G99平台还可以满足广泛的扩增子长度检测类型,特别是对于较长片段扩增子的检测和分类注释,可以满足多向EDNA检测项目的需求。

EDNA项目基于G99测序平台,具有以下特点

适用于多种样品类型的核酸提取方案林根生物EDNA宏条形码检测项目针对水、土壤、泥沙、空气、动物消化道内容物等各类样品开发了特色EDNA核酸提取方案,解决了EDNA含量极低、难以获得的技术瓶颈,攻克了各类EDNA研究方向,可为广大生态研究科学家提供高效稳定的EDNA研究方法。

快速的数据交付效率亚麻生物的EDNA Metebarcode技术是与“Speed King”G99测序平台联合进行的PE300测序,测序步骤可在短短30小时内完成可以满足不同长度EDNA扩增子的研究需求,适用于测序更多类型的EDNA引物,可在短时间内快速获得测序数据,大大压缩了科研的成本和时间,为科研用户提供了更广阔的研究空间。

升级 EDNA 分析工作流程和个性化数据库定制林根生物五年精心打磨EDNA 的专有分析流程。目前,一个规模更大、更全面的鱼类注释数据库包括18,686种淡水鱼类和17,828种海洋鱼类名录,并增加了濒危物种的鱼类分析、潜在外来物种的检测和分析、附有地图和中文描述。 更实用的分析内容,更精准的检测,更适合中国科研用户。

输出数据输出稳定、快速、准确林恩生物推出华大智造DNBSEQ-G99测序平台,该平台采用华大智造核心DNBSEQ测序技术具有高精度、低重复和低标签跳跃等优点为林根生物EDNA MetaBarcode检测项目打造专属实验分析流程,帮助科研用户获得精准检测结果,精准分析生态成分,实时监测环境变化。

除了PE300等多种读长选项外,G99测序平台凭借极致的测序速度、灵活简单的机载体验、合适的通量玻片规格,完美解决了16S等测序服务中样本采集难、递送周期长等痛点。 G99的广泛应用场景将持续赋能生态环境领域高通量测序技术的快速发展。

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