晋元时期全真派的建立，经过元代的快速发展，到明代初已形成“北全真一南”的双峰对抗格局。
明代太祖朱元璋不喜欢全真宗，他说：“全真宗和禅宗一样，道士只顾自己的修行，不利于社会道德化。 朱元璋曾经出家，对宗教有一定的了解，看法颇为独特。 全真宗和禅宗确实有相似之处。 那么，沾染了佛教气息的全真教，还是道教吗？
需要注意的是，全真与传统道教确实存在许多不同之处。 首先，在观念上，全真教强调三教一家。 红莲、白莲、绿荷叶，三大宗教原本是一家人。 全真宗以《心经》、《儒家孝经》、《道德经》为三大经典，从儒家和佛教中引进和吸收了很多东西。 这确实与以往的道门有很大的不同。
在组织形式上，全真宗要求道士出家，这与以往的传统也大相径庭。 过去，道教并不要求僧侣成为僧侣。 只不过，一些聪明的道士，体会到了修道的喜悦，从此成为了和尚，在宫中独立修行。
在全真宗中，情况并非如此，在全真宗中，切断与尘土的关系是必要的要求，这与佛教的组织形式相似。 因此，与其他宗门相比，全真宗非常重视戒律，其学徒仪式被称为“释戒”;传统道教更重视护身符，授弟仪式称为“放瓮”。 两者之间有很大的区别。
更大的区别在于对修炼的追求。 全真宗的修炼理论包括圣道、超凡三境、修身法门、离开凡间等。 人们认为，“进入圣界的方式一定是多年努力，积累成绩”。 要求做到“住在一个房间里，充满性感”，“放在尘土中，心已经清澈在物外”。
全真宗祖师王重阳提出：“心忘心，心是欲超境，心忘了超越色境界，无空境界是超然无色境界。离开三界，神居仙圣地，性爱在玉清境界！他还说：“有法身的人也是无形的。 它不是空的，没有前方，它不高，它不短不长，它是包罗万象的，它隐藏得无影无踪。 这些都表明了整个真道与佛陀融合并进入正道的思想倾向。
传统的道教宗追求肉身的长寿，所有的修炼**，比如外丹的修炼，都是围绕着这个目标展开的。 然而，王重阳对此却明确批判，他说：“今天想永不死、永不离开世界的人，是愚蠢和不讲道理的。 追求肉体的不朽是“大傻瓜”。 事实上，全真宗确实放弃了肉体不朽的理想，转而追求精神不朽。
既然宗教哲学、组织形式、修炼目标都与以往的传统道教大相径庭，那么全真宗还是道教吗？答案是肯定的。 这是因为对道的追求与其他宗门完全一致。 各式各样的道经，也被全真宗继承和弘扬。
所以，就连明太祖朱元璋都不喜欢全真宗，在他合并管理天下道门的时候，不得不承认全真宗是道教的两大宗门之一。